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标题: 有没有 简单好用又便宜的miRNA qPCR检测方法？ [打印本页]
作者: hzangs    时间: 2017-3-15 13:50
标题: 有没有 简单好用又便宜的miRNA qPCR检测方法？
本帖最后由 hzangs 于 2017-3-20 19:35 编辑

没有？

这个可以有！！！而且hzangs对该方法进行了测试！引物的评判一般考虑特异性和扩增效率，特异性可以通过qPCR溶解曲线的峰型得出，而扩增效率需要比较不同方法、不同引物对同一基因的扩增效果才可得出。考虑到扩增效率评定比较繁琐，所以hzangs在测试时只考察了引物的特异性问题。hzangs利用该软件设计引物10对，以抽提的细胞total RNA作为起始RNA，利用该策略进行qPCR检测。其中7对在所有样品中溶解曲线均为单峰，2对在个别样品中出现杂峰，1对在所有样品中出现杂峰。另：出现杂峰的3对引物，其中2对引物的CT值在30以上，可以认为是极低丰度miRNA。
补充两点：1、 生成的引物在 运行算法  后 产生的新文档里！！！ 2、加尾后 RNA不需要纯化，直接吸取一定数量加尾反应液进行逆转录即可。
软件在此！  方法请见微信推文！  链接：https://mp.weixin.qq.com/s/JoJczBvNTG76GpXbygca8g
使用该方法发文章，记得引用原发明人的论文。
附件已隐藏，回复该贴可查看附件  
释疑：
推出该方法后有朋友在微信后台留言认为这就是常规的加尾法检测miRNA，用软件设计加尾法miRNA引物本身就是个错误。  hzangs首先在这里感谢这位朋友的批评和意见。不过对于技术的探讨是仁者见仁智者见智的事情。
hzangs在此解释一下该方法与传统加尾法检测miRNA的技术差别：
传统的加尾法上游引物是miRNA序列本身，下游则是通用引物。通用引物的问题在于没有特异性，传统加尾法miRNA qPCR的引物特异性完全依靠上游引物，这就导致了传统的方法特异性低，qPCR过程容易出现非特异性扩增等问题。hzangs分享的方法下游引物的3‘端引入了靶miR的几个碱基，增强了特异性。同时基于引物设计软件自带的算法选择了下游引物3'端与靶miRNA匹配的碱基数。这也是为什么该方法需要引物设计软件的原因。如果大家还有什么问题，可以在本帖留言，与hzangs就该方法进行讨论。





作者: 只是完美    时间: 2017-3-15 15:07
厉害了.刚刚还在考虑怎么做miRNA
作者: sunluyso014488    时间: 2017-3-15 15:36
作者: Irismin_mountai    时间: 2017-3-15 15:37
谢谢楼主分享
作者: 红桃k    时间: 2017-3-15 15:54
厉害,谢谢楼主分享，刚好做引物
作者: zsg0108    时间: 2017-3-15 15:55
方便快捷高效
作者: 红桃k    时间: 2017-3-15 15:55
厉害了楼主，解决了现在的当务之急
作者: 红桃k    时间: 2017-3-15 16:09
用了之后怎么闪退啊。。。。
作者: hzangs    时间: 2017-3-15 16:46
红桃k 发表于 2017-3-15 16:09
用了之后怎么闪退啊。。。。

看来没有好好读推文哦，好好研究一下推文    引物在运行算法之后产生的新文档里。
作者: anderson1738    时间: 2017-3-15 16:49
谢谢楼主分享!!!
作者: 鱼儿    时间: 2017-3-15 19:32
谢谢楼主
作者: arsenal-xie    时间: 2017-3-15 21:11
好东西，真不错！
作者: 廉翔    时间: 2017-3-16 08:46
这个可以有，谢谢了
作者: 一路前行2018    时间: 2017-3-16 08:55
非常棒的 推文！！！请问各位怎么获取纯的miRNA?
作者: Joyel    时间: 2017-3-16 09:11
Thank you.....................
作者: zhouxlhappy    时间: 2017-3-16 09:30
棒棒的！！
作者: Cass    时间: 2017-3-16 09:30
谢谢分享
作者: hzangs    时间: 2017-3-16 10:46
一路前行2018 发表于 2017-3-16 08:55
非常棒的 推文！！！请问各位怎么获取纯的miRNA?

这个我查过了  需要买miRNA抽提kit    total RNA的话可以trizol
作者: Miss神佑    时间: 2017-3-16 11:23
厉害了我的哥
作者: 一路前行2018    时间: 2017-3-16 11:28
本帖最后由 一路前行2018 于 2017-3-16 11:50 编辑
hzangs 发表于 2017-3-15 16:46
看来没有好好读推文哦，好好研究一下推文    引物在运行算法之后产生的新文档里。 ...

应该是系统的问题，我刚开始用win10也不行，后来换了win7就OK了
作者: 一路前行2018    时间: 2017-3-16 11:29
hzangs 发表于 2017-3-16 10:46
这个我查过了  需要买miRNA抽提kit    total RNA的话可以trizol

谢谢~~么么哒
作者: dlwlrma    时间: 2017-3-16 11:43
我做的qpcr好贵哦。。。
作者: kunpenggaofei    时间: 2017-3-16 12:05
多谢楼主！
作者: hzangs    时间: 2017-3-16 13:32
一路前行2018 发表于 2017-3-16 11:28
应该是系统的问题，我刚开始用win10也不行，后来换了win7就OK了

好哒。  可能这个软件比较老， win10不兼容
作者: smilence2012    时间: 2017-3-16 15:27
顶一个！
作者: yangjw91xy    时间: 2017-3-16 20:49
谢谢分享！
作者: 艾迪生物    时间: 2017-3-17 10:41
好工具 有一个值得尝试的设计软件
作者: YongyongDu    时间: 2017-3-17 11:09
正好想做miRNA的验证，太感谢了
作者: dancing    时间: 2017-3-17 13:07
谢谢楼主
作者: Marvel    时间: 2017-3-18 13:03
厉害了，看看这个工具的强大之处
作者: droyx24    时间: 2017-3-20 10:07
每天来论坛转转都有新收获！
作者: xiu    时间: 2017-3-20 11:16
谢谢分享
作者: wangyanli    时间: 2017-3-21 16:17
借鉴一下，刚好需要。
作者: schistosome    时间: 2017-3-29 14:45
历害了WORD楼主，谢谢分享
作者: 暗红柳绿    时间: 2017-3-29 19:28
正在学习中，谢楼主分享。
作者: xiaowei8338    时间: 2017-3-30 10:35
不错的方法啊
作者: 夏毓雪    时间: 2017-3-30 12:36
感谢楼主分享
作者: BerylGao    时间: 2017-3-31 23:30
感谢，楼主分享。。
作者: 红豆汤    时间: 2017-4-10 21:08
正好在做 太厉害了
作者: FunkyWoody    时间: 2017-4-24 15:08
来看看！
作者: 范范    时间: 2017-4-24 15:43
谢谢分享
作者: 范范    时间: 2017-4-24 15:43
谢谢分享
作者: cynthia03    时间: 2017-4-25 11:14
正要做miRNA检测，谢谢楼主
作者: 小小菜鸟    时间: 2017-4-26 20:32
lalalalalal
作者: cneagle66    时间: 2017-5-10 09:22
多谢分享，正在找这方面的资料！
作者: tfjeven    时间: 2017-5-10 09:24
赞一个，必须支持支持
作者: KDLI    时间: 2017-5-10 14:48
感谢分享！
作者: ttll2012    时间: 2017-5-10 15:51
看看内容，谢谢
作者: tfjeven    时间: 2017-5-11 15:24
楼主，本人小白，有几个问题：1、如果想检测外泌体中miRNA和某个基因mRNA 表达，那么使用你提供的加尾法后，是否加尾反应液仍可以逆转后用来做某基因mRNA检测
2、在逆转过程中，我用的是takara的逆转录试剂盒，在整个20ul逆转体系中，使用你提供的那个引物来代替oligo dT和random 6，那么整个反应液的成分应该是：Rnase free H2O，RNA加尾反应液（模板），你提供的那条引物，Primerscript RT Enzyme mix ，不知道是不是这样？
作者: cherylsun    时间: 2017-5-18 10:12
谢谢楼主分享
作者: wangxuer    时间: 2017-6-2 14:14
厉害了！
作者: 暂无昵称    时间: 2017-6-2 17:29
谢谢楼主分享。
作者: flingindance    时间: 2017-6-15 12:06
真的可以吗？
作者: qschenpeng    时间: 2017-7-3 16:25
感谢分享。
作者: 最烦-起名字    时间: 2017-7-9 14:55
谢谢楼主，学习了
作者: 最烦-起名字    时间: 2017-7-9 16:06
楼主，在做miRNA反转录时，能直接用试剂公司提供的加尾法的试剂盒，等qPCR时，再把上下游引物换成软件设计的引物，这样可以吗
作者: timon    时间: 2017-7-12 09:24
谢谢分享
作者: ting.alina    时间: 2017-7-14 14:52
学习学习学习学习
作者: ting.alina    时间: 2017-7-14 14:56
群主 有这块的比较新的文献没 求分享 多谢
作者: xianmao    时间: 2017-7-20 14:30
thxthxthxthxthxthxthxthxthxthxthxthx
作者: 嘟嘟酱    时间: 2017-7-20 20:53
受我一拜
作者: hzangs    时间: 2017-7-28 10:47
嘟嘟酱 发表于 2017-7-20 20:53
受我一拜

作者: CARD    时间: 2017-7-28 12:47
感谢分享
作者: annieyang1990    时间: 2017-7-28 16:57
楼主太棒了，谢谢分享！
作者: sdnujack    时间: 2017-8-7 12:34
有点点小迷惑，后面可以设计引物了为什么还要加尾呢？求大神解释
作者: afra    时间: 2017-8-7 13:24
学习一下
作者: kibana    时间: 2017-8-7 16:05
谢谢。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
作者: xianzhiwsh    时间: 2017-8-9 17:55
一直看公众号知道hzangs大神，今天终于注册回帖了
作者: minminj    时间: 2017-8-10 14:05
非常感谢！学习一下
之前买过几条天根的引物，等了好久。。。
作者: stones    时间: 2017-8-30 10:08
谢谢楼主分享
作者: 烟尽云淡    时间: 2017-8-31 22:30
duoxie
作者: huzheng2006    时间: 2017-9-13 15:14
好东西，谢谢分享！
作者: daisywzy    时间: 2017-11-21 13:40
谢谢楼主
作者: cjr2008love    时间: 2017-11-22 21:00
666，这种用SRBY green做的miRNA检测，简直不要太方便。
作者: yeyurufeng    时间: 2017-11-23 08:29
谢谢！！！
作者: Megan    时间: 2017-11-23 09:49
超级感谢楼主
作者: mydjx    时间: 2017-11-23 10:55
日常膜拜大神
作者: hzangs    时间: 2017-11-23 11:41
mydjx 发表于 2017-11-23 10:55
日常膜拜大神

作者: mno    时间: 2017-11-23 12:32
谢谢分享
作者: JCai    时间: 2017-12-29 11:26
感谢分享
作者: jiguangyu12395    时间: 2017-12-31 09:21
谢谢楼主分享
作者: SYSUCC-Deng    时间: 2018-1-5 22:16
学习,感谢大神。。。
作者: 简而化之    时间: 2018-2-11 17:34
今天天气不错
作者: 伊森007    时间: 2018-2-12 15:18
感谢分享
作者: Bruce    时间: 2018-3-11 22:51
多谢分享！
作者: ldl681656    时间: 2018-3-22 16:54
谢谢分享
作者: acoolachen    时间: 2018-3-23 15:44
谢谢分享！！！！
作者: 127913abc    时间: 2018-3-24 16:19
学习了，谢谢大神
作者: msurgeon    时间: 2018-3-26 20:51
正好要做mirna
作者: zhanghe    时间: 2018-4-3 12:42
谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢
作者: zhanghe    时间: 2018-4-3 12:56
谢谢谢谢谢谢谢谢谢谢 谢谢谢谢谢谢谢谢
作者: Lillian    时间: 2018-4-24 11:19
急求关于检测miRNA-21pcr的引物
作者: Lillian    时间: 2018-4-24 13:06
请问下这个软件的引物设计是只适用这个方法，还是其他方法的也可以再这里设计
作者: hzangs    时间: 2018-4-24 14:42
Lillian 发表于 2018-4-24 13:06
请问下这个软件的引物设计是只适用这个方法，还是其他方法的也可以再这里设计 ...

仅用于该方法。
作者: wangjiachen    时间: 2018-4-26 22:09
感谢分享！
作者: vivelarye    时间: 2018-4-27 10:22
赞赞赞赞赞赞
作者: a8736695    时间: 2018-4-27 11:17
感谢楼主，谢谢分享
作者: 初学者1号    时间: 2018-4-28 20:23
NICE! GREAT!
作者: pengqiao0605    时间: 2018-4-29 15:51
求软件求软件
作者: pengqiao0605    时间: 2018-4-29 15:59
下载了这个软件，按照流程操作，运行的时候出现闪退，而且并没有新的文档生成，求指教



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