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大家关于试剂盒的几点疑问和澄清

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发表于 2015-10-26 13:59:55 | 显示全部楼层 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
本帖最后由 seallin 于 2015-10-27 10:09 编辑

群里有很多人对试剂盒(SBI,Life etc)存在一点疑问,我做了快1年多的实验了,觉得还是应该站出来说几句。

首先陈述两个实验
1、通过试剂盒对照实验发现,空白血清(exo-free)并不能提取到沉淀,而培养过细胞的血清则能提取到沉淀,说明提取到的不是蛋白聚集体,不然空白血清中那么高的蛋白含量也应该有沉淀才对。
2、血清经过10000g离心,又经过0.22 um滤膜过滤,用试剂盒提取后,能提取到沉淀(由上文证明不是蛋白聚集体),因此沉淀应该不可能是细胞碎片,故应该就是exo

写到这里,我想大家应该也认为试剂盒提取到应该是exo

但是大家为什么会对试剂盒有疑问呢?无非是三个问题,1、很难重溶;2、TEM不好做;3、WB不好做;4、沉淀量远远超过超速离心
下面我来解释一下,
1、并非不好重溶,加入水用枪头一吹打,立马就溶了,如果觉得不好重溶的一定是你方法不对;
2、由于有聚合物,TEM确实非常难做(这是试剂盒的一大缺点),我曾经做了3天的HRTEM(200 kv)才做出来;
3、WB不好做不是提取的问题,是提取的不够纯。为什么不够纯,下面重点介绍:高速离心的时候,我们第二遍会用PBS再离一遍以除去血清蛋白,而试剂盒的protocol里没有清洗这一步,这导致提取的exo中含很多血清蛋白。做实验小心一点,尽量去除管壁上的残留,实在不行,重溶后再提一遍,效果会很好;
4、如果用24h超离的血清培养细胞后,再用试剂盒,沉淀量会非常小,因此,我认为可能是血清没有离心干净的原因。

最后补充两句,
1、方法有好坏,技能有高低,如果实验做的熟练了,尽量避免可能出现的问题,还是可以做出很好的结果的。祝大家实验顺利!
2、如果是后续的分析和检测,两种方法都行,当然试剂盒更加方便。如果是用到exo做其他实验,比如尾部注射,还是安心用超离吧

Lobb RJ Optimized exosome isolation protocol for cell culture supernatant and human plasma, J Extra Vesc, 2015的这篇文献是有问题的,因为的对照组,沉淀得到的样品根本就没有洗干净,所以做出来的结果当然不好。用一个不正确的方法进行对比,结果可想而知。

最后很感谢与Hzangs的交流,提出了一些关键的问题,我会就一些问题进行近一步的考察。

如果还有疑问,欢迎留言





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 楼主| 发表于 2015-10-26 14:43:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 seallin 于 2015-10-28 19:53 编辑
hzangs 发表于 2015-10-26 14:15
通过试剂盒对照实验发现,空白血清(exo-free)并不能提取到沉淀,而培养过细胞的血清则能提取到沉淀,说明 ...

大家互相交流,才能碰撞思维的火花。
其实kit提取的蛋白里有很多杂蛋白,是因为有血清的残留,不是因为聚合物抓取了杂蛋白,如果用试剂盒再提一次(沉淀重溶后再加kit),能够大大减少杂蛋白的含量。但是再用一次试剂盒,大家的成本就更高了,所以我在上文中没有推荐。另外我们能在实验中发现这个现象,kit提完一次后,下面的pellet是白的,重溶后就变微红了,这是因为管壁上还残留很多杂蛋白及其酚红,我们知道酚红与蛋白疏水部分存在很强的疏水作用力,因此有红色表明有游离的杂蛋白,这才导致了污染。

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 楼主| 发表于 2015-10-26 15:46:17 | 显示全部楼层
hzangs 发表于 2015-10-26 15:07
很高兴能和你交流这些东西。

请问 有尝试过将kit沉淀的东西重新溶解然后再用kit沉淀一遍么, 结果如何, ...

我也很高兴能与您探讨!
再来一遍的话,如果跑胶对比,可以明显发现60-70kDa的条带变浅了很多,因为血清中TF和BSA是占80%以上的,所以经过两次沉淀,能够尽可能多的除去血清蛋白。但是毕竟外泌体表面是带负电荷的,而且也不亲水,难免有杂蛋白非特异性吸附,BSA,TF等蛋白也无法除尽。关于聚合物沉淀的原理,我不认同文献中竞争结合水的观点。
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 楼主| 发表于 2015-10-26 16:55:17 | 显示全部楼层
hzangs 发表于 2015-10-26 16:41
两次沉淀, 收到的沉淀 蛋白定量  和超离定量  会有多大差距?  这个我还真没做过呢~ 因为杂蛋白的问题, ...

恩,我理解你的想法,对于后续需要用到exo的实验,还是超离最好,这点我认同。试剂盒缺点确实比较多:1、聚合物粘在exo外,很难除掉;2、若无滤膜过滤步骤,颗粒大小会不均一;3、若方法不正确,会带来较多杂蛋白。

但是试剂盒也有其优势的,如果只是后续exo里蛋白、脂类和RNA的检测和分析,在分析领域还是较好的。不过如果要用提出来的exo做进一步的实验,我的建议也是超离。
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 楼主| 发表于 2015-10-26 17:17:56 | 显示全部楼层
本帖最后由 seallin 于 2015-10-26 17:19 编辑
hzangs 发表于 2015-10-26 17:10
部分同意你的观点。但是如果后期是用来做蛋白质谱或者脂类的话,我同样是不建议使用kit。 如果后期是用来 ...

嗯呢,但是如果24h离心的血清培养细胞后,用kit沉淀会很少~~~~因为那次,我都惊呆了,本以为会很多,结果就底下一点点~~我还以为是我方法有问题,结果重复一次还是这样
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 楼主| 发表于 2015-10-27 11:55:57 | 显示全部楼层
本帖最后由 seallin 于 2015-10-27 11:58 编辑
yy8651 发表于 2015-10-27 10:15
看到争鸣才最有用,这才是讨论。
感觉两位都有道理
但是有个问题

这样才能促进大家认知的提高。诚然,目前的策略不适合做蛋白分析,不过通过优化实验方案,如果能两次沉淀,杂蛋白会大大降低,我的跑胶结果最后显示几乎没有血清蛋白如白蛋白和转铁,而如果仅仅进行一次的话(就是试剂盒protocol的策略)还是有很多血清蛋白残留的。我就是做蛋白大规模鉴定的,按照谱图计数表征蛋白相对含量,白蛋白差不多只能排到38位,说明大部分的血清蛋白都被去除了
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 楼主| 发表于 2015-10-27 17:04:40 | 显示全部楼层
惜名 发表于 2015-10-27 14:03
你用SBI提取exo做蛋白质谱的么?
第一次提取重悬后再次加EXO-QUICK重悬么?

不过不是用SBI提取的,是自己加聚合物提取的。第一次沉淀后去除上清,加水或PBS重溶,再加一定比例的聚合物,再次沉淀,这下就纯很多了
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 楼主| 发表于 2015-10-27 21:20:18 | 显示全部楼层
hzangs 发表于 2015-10-27 18:05
其实 我还是建议楼主去考察一下   粒子数/蛋白 这个值,  这个反映比较直观,说服力也比较强。 ...

如果我是你们一线城市就好了,上次去测NTA都是从东北飞到上海去测的,第三次报销的时候看老师脸都绿了。。谢谢你的建议,我会进一步完善之
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 楼主| 发表于 2015-10-28 09:28:26 | 显示全部楼层
惜名 发表于 2015-10-28 09:02
OK  我也试试用SBI二次提取~

血清如果能离心彻底,SBI提取的量不会很多。因为沉降系数是以时间表示的。
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 楼主| 发表于 2015-10-28 10:17:34 | 显示全部楼层
hzangs 发表于 2015-10-27 21:32
你可以联系一下izon 或者 nanosight,已合作的方式,到时候发文章方法里写一下的形式体现合作,也许他们 ...

有点疑问,文献他们用的仪器是TRPS(qnano的),测量粒径的时候单位是1E11 particles/mL,这太高了吧,我们一般用马尔文的仪器(NanoSight)测粒径,单位一般都是1E6-E8 particles/mL的,见那篇nature,再高就不准了。不知同样的样品仪器是否会有误差
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