关于质谱exosome or EVs的marker

seallin

我是专门做质谱的，回答这个问题主要分两点：
1、外泌体的提取。这个很关键，因为外泌体在培养液里，一般质谱上样量不会超过2微克，如果你的蛋白酶解产物中，血清蛋白占了绝大部分，那么结果就可想而知了，鉴定出来的肯定都是血清蛋白。因此，尽可能的除去血清蛋白极其重要，平时做wb外泌体清洗2遍，那么做质谱，请最好清洗3遍4遍。
2、样品预处理和质谱。一般商家的样品预处理都是很普通的方法，不会用很新很好的方法，因此样品处理中损失会很大，还会不可避免的引入SDS和NP40的干扰，影响质谱鉴定。质谱方面：质谱参数很多，许多要按照实际情况进行调节，比如样品复杂就要设长分离梯度；样品血清蛋白多，要设长动态排除时间等等。最后，商品化质谱测样，最好选thermo公司的质谱。

hzangs

这与质谱有关。 根据我打质谱的经验，一个靠谱的质谱平台可能比质谱仪本身更重要。  我们实验室也遇到过过表达蛋白之后，过表达细胞系和对照细胞系打质谱，然后差异蛋白里没有过表达的那个蛋白的情况。  你这个可能是质谱打的不好 o(╯□╰)o