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最近的一些研究表明，环状RNA（circRNA）在哺乳动物中非常丰富并广泛表达，而且不同细胞类型会有不同的表达情况。然而，关于circRNAs的产生的调控以及它们的精确生物功能仍然很大程度上是未知的。为了研究circRNA在结肠直肠癌发展过程中是如何被调节的，来自美国范德堡大学的研究人员使用三种仅KRAS突变状态不同的同基因型结肠癌细胞系进行研究。研究人员提取来自亲本细胞系DLD-1衍生出含有野生型和G13D突变体KRAS等位基因的两种细胞——DKO-1（仅突变的KRAS等位基因）和DK-8（仅野生型KRAS等位基因）——的RNA，进行RNA-Seq分析。我们开发了一个生物信息学途径，从RNA-Seq数据中识别和评估候选的circRNA。研究人员在每个细胞系中鉴定出了数百个高质量的circRNA候选者。值得注意的是，与DKs-8细胞相比，circRNA在DLD-1和DKO-1细胞中的整体水平显着下调，表明突变体KRAS对circRNA丰度会产生广泛影响。在两个独立的结肠癌细胞系HCT116（KRAS突变型）和HKe3（KRAS野生型）中也证实了该发现。在这所有三种细胞系中，circRNA也在分泌的细胞外囊泡中发现，并且circRNA在外泌体中比在细胞中更丰富。研究人员的研究结果表明circRNAs很有希望作为癌症的生物标志物。
图：DK-8细胞外泌体中丰度最高的10种circRNA以及它们的靶基因
参考文献：Dou Y, Cha DJ, Franklin JL, Higginbotham JN, Jeppesen DK, Weaver AM, Prasad N, Levy S, Coffey RJ, Patton JG, Zhang B. Circular RNAs are down-regulated in KRAS mutant colon cancer cells and can be transferred to exosomes. Sci Rep. 2016 Nov 28;6:37982. PubMed PMID: 27892494.
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