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标题: 外泌体small RNA组成、含量占，以及建库 [打印本页]

作者: 王韦jiayou 时间: 2016-8-17 14:03
标题: 外泌体small RNA组成、含量占，以及建库
最近在做外泌体small RNA的研究，通过NGS测序的方式进行。信息分析结果发现外泌体small RNA的组成跟常规组织不同，比对不到的small RNA组成占比较大，有50％以上。正常small RNA的测序结果都是21-22nt、24nt长度的reads较多，但我的结果是31-32nt长度的较多。不知道啥情况？是本身外泌体small RNA的成分就这样？还是NGS建库方法不合适？求做过的大神指导啊！！！

ps：比对不上，是指比对不到miRNA、rRNA、tRNA、novel miRNA等。

作者: 王韦jiayou 时间: 2016-8-19 09:50
有木有大神在论坛的噢，给解答一下哈～～～

作者: llwysys 时间: 2016-8-23 09:36
建议可以尝试将这部分 31 - 32 nt 的序列与基因组进行比对，看看具体是什么东西。

作者: 张宏道 时间: 2016-8-26 16:40
你是什么建库方法，用的RNA量是多少？

作者: wjy 时间: 2016-8-31 15:14
咨询一下大家，外泌体二代测序都是用那个公司啊？

作者: gaocunyi 时间: 2016-9-12 17:37
楼主，你好，最近我做出来的结果和你基本一样，这个31-32nt较多的问题解决了吗？

作者: 王韦jiayou 时间: 2016-9-14 18:53

gaocunyi 发表于 2016-9-12 17:37
楼主，你好，最近我做出来的结果和你基本一样，这个31-32nt较多的问题解决了吗？ ...

我做了好几个不同类型样本，都是这样的结果。发现这些reads主要是比对到一些repeat、other，怀疑外泌体里的片段本来就都是一些降解的片段。这个从外泌体样本的2100检测结果也能看出来。
可以再找一些文献验证一下。

作者: 王韦jiayou 时间: 2016-9-14 18:54

张宏道发表于 2016-8-26 16:40
你是什么建库方法，用的RNA量是多少？

几十ng的外泌体RNA，用专门的small RNA建库盒子就行

作者: 芋仔61 时间: 2016-10-26 12:52
最近也有做外泌体建库的需要。楼主能提供以下外泌体建库的试剂盒及流程还有A2100的检测图谱吗？期待进一步的交流。
qq：529064130
或者直接在外泌体之家的qq群中查找：黄红伟-南师大
谢谢楼主。

作者: konggy 时间: 2016-11-14 14:46
我们同样做的外泌体miRNA测序，也发现了类似的现象在31~32nt的RNA比较多，我们将这部分序列拿出来比较之后发现这部分RNA为Y RNA，在注释中备注为miscR NA

作者: ashey 时间: 2017-1-2 16:03

konggy 发表于 2016-11-14 14:46
我们同样做的外泌体miRNA测序，也发现了类似的现象在31~32nt的RNA比较多，我们将这部分序列拿出来比较之后 ...

想问一下，你们做miRNA测序大概需要从多少外泌体的量提取RNA啊？

作者: konggy 时间: 2017-2-5 11:42

ashey 发表于 2017-1-2 16:03
想问一下，你们做miRNA测序大概需要从多少外泌体的量提取RNA啊？

一般是从10毫升血液起始，具体的外泌体的量没有计算过。

作者: dancing 时间: 2017-4-13 16:34
我测序也是这样的，公司说是因为外泌体样品特殊，含有大量的其他RNA降解的片段，所以在30~32nt的含量很高

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