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标题: 請問exosome進行NGS測序,如何避免ribosome contamination? [打印本页]

作者: memorywind    时间: 2017-4-27 08:36
标题: 請問exosome進行NGS測序,如何避免ribosome contamination?
想請問關於收exosome進行NGS測序的問題,最近利用兩種方式收集exosome:SIGMA的kit和超高速離心,可是送去NGS測序前的QC都沒過,說是ribosome contamination.爬帖看到有人也是一樣有這問題,而且看到有人分享說蛋白組分析的data顯示exosome會有ribosome的存在,且部分測序結果確實有ribosome序列.想請問是不是有人可以分享,如何避免ribosome contamination,或是降低ribosome contamination?謝謝.

作者: hzangs    时间: 2017-4-27 15:35
和一两个测序公司的技术和销售聊过这个问题。 他们普遍反映 外泌体RNA测序会测到10%-20%的ribosome序列,这个正常。 如果不想要ribosome序列 可以用去除ribosome RNA的kit。  个人认为没必要去除。直接测就行。
作者: 张宏道    时间: 2017-4-28 16:00
你是做small RNA seq?
作者: memorywind    时间: 2017-4-28 16:30
张宏道 发表于 2017-4-28 16:00
你是做small RNA seq?

不只small RNA seq,我打算要看microRNA和lncRNA,可是用bioanalyzer(針對small RNA)和caliper(針對total RNA)進行QC,皆顯示ribosome contamination (測到18S和28S的peak),所以對方請我們重新收集樣品再進行QC和NGS。
作者: 张宏道    时间: 2017-5-9 16:37
memorywind 发表于 2017-4-28 16:30
不只small RNA seq,我打算要看microRNA和lncRNA,可是用bioanalyzer(針對small RNA)和caliper(針對total ...

最近一篇文章提到细胞分泌的外泌体,如果使用密度梯度离心的方法,可以提取到两大类差别很大的囊泡。一类中主要是较小片段的RNA,另一类里面则包含丰富的28s和18s RNA。所以,如果你想测序的话,建议提取方法上面可以做些改变。或者去除rRNA吧。
作者: Peter_chen    时间: 2017-5-19 09:22
张宏道 发表于 2017-5-9 16:37
最近一篇文章提到细胞分泌的外泌体,如果使用密度梯度离心的方法,可以提取到两大类差别很大的囊泡。一类 ...

能否告知下是哪篇文献提及到这个现象呢,十分感谢
作者: 张宏道    时间: 2017-5-22 09:24
Peter_chen 发表于 2017-5-19 09:22
能否告知下是哪篇文献提及到这个现象呢,十分感谢

Two distinct extracellular RNA signatures released by a single cell type identified by microarray and next-generation sequencing
大牛Jan Lotvall发表的文章。
作者: Peter_chen    时间: 2017-5-22 16:16
张宏道 发表于 2017-5-22 09:24
Two distinct extracellular RNA signatures released by a single cell type identified by microarray  ...

找到了,十分感谢分享。
作者: 531423028    时间: 2017-6-7 10:53
hzangs 发表于 2017-4-27 15:35
和一两个测序公司的技术和销售聊过这个问题。 他们普遍反映 外泌体RNA测序会测到10%-20%的ribosome序列,这 ...

你好,我想问一下有rRNA污染的话多后续结果分析有影响么?你说的这个有少量rRNA没必要去除有没有相关文献的支持?
作者: exosomes1    时间: 2017-9-1 12:36
如果样品量大的话,自己切胶纯化小片段
作者: 笨笨珍    时间: 2018-7-16 13:20
hzangs 发表于 2017-4-27 15:35
和一两个测序公司的技术和销售聊过这个问题。 他们普遍反映 外泌体RNA测序会测到10%-20%的ribosome序列,这 ...

请问哪个公司做外泌体的测序比较靠谱呢
作者: Gu_apple    时间: 2018-7-19 13:16
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