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标题: 大家给公司做miRNA测序会遇到什么常见问题？新手求教 [打印本页]

作者: jlj1917576238 时间: 2017-9-27 19:36
标题: 大家给公司做miRNA测序会遇到什么常见问题？新手求教
最近打算做miRNA测序，找了公司咨询，需要注意哪些细节？比如说：1.测序方法：芯片还是二代测序？
2.测序样品质检和外泌体量
3.后续服务：如果建库失败，损失谁负责
等诸如此类的问题。
想问做过测序的大神，测序有什么坑需要注意，我觉得作为新手的我可能会遇到很多问题，求指教，谢谢！

作者: baishixiaoyaozi 时间: 2017-9-27 21:34
最近也想做extracellular small RNA sequencing
1. 我打算用NGS，好处是unbiased，信息量会比较大，包括miRNA和其他small RNAs，缺点么，费钱；芯片的话，如果只focus miRNA，有很多不同公司的芯片可以选择
2. 样品质检，打算用agilent bioanayzer，业内金标准；exosome/miRNA amount越多越好，至少达到建库的最低标准
3. 所在学校的core facility不提供建库服务，打算自己买kit，自己建库，正在学习中
其实测序只是第一步，后续的分析也很重要。

作者: jlj1917576238 时间: 2017-9-28 09:18

baishixiaoyaozi 发表于 2017-9-27 21:34
最近也想做extracellular small RNA sequencing
1. 我打算用NGS，好处是unbiased，信息量会比较大，包括miR ...

谢谢亲的回复，受教了！

作者: mydjx 时间: 2017-10-9 10:13
哪家公司比较好？最近也打算做这个

作者: biowinner 时间: 2017-11-14 12:23
1个人认为还是二代测序吧，芯片假阳性会有
2用安捷伦2100质检，如果偏重于mRNA，或者LncRNA的话，润值需要达到8.0
3测序上机浓度要达到200ng/ul，样本量尽量多，做转录组一次不一定能做好，必须重复建库的。起码要准备3次建库的量吧
4对于外泌体RNA，最关键的是外泌体的富集和提取

作者: sesame0415 时间: 2018-1-10 10:46
大有收获

作者: 笨笨珍 时间: 2018-7-16 13:16

biowinner 发表于 2017-11-14 12:23
1个人认为还是二代测序吧，芯片假阳性会有
2用安捷伦2100质检，如果偏重于mRNA，或者LncRNA的话，润值需要 ...

请问，哪家公司比较靠谱一点吖？最近也有打算做

作者: Gu_apple 时间: 2018-7-18 13:40
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作者: 可可西里haha 时间: 2022-6-14 20:11
最近打算测外泌体全转录组测序，咨询了测序公司说全转录组测序目前还存在很多假阳性的问题，请问的确是这样吗？大家有没有好的测序公司推荐

作者: kericnnoe1964 时间: 2023-1-19 01:32
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