关于质谱exosome or EVs的marker

微泡biomarker · 发表于 2016-4-23 11:27:44

本帖最后由 hzangs 于 2016-5-11 17:56 编辑

各位大神大家好，近来在实验中发现WB和MS的蛋白鉴定结果又出入呢，一般 CD63和 ALIX 等都是WB能检测到的marker，那么有没有是用质谱能检测的marker呢，因为很多时候能WB出CD63等marker 但是MS检测不到呢？
请各位积极参与讨论，thank u

seallin · 发表于 2016-5-5 14:07:24

子非鱼发表于 2016-5-4 18:17
谢谢您回复我，我是用SBI试剂盒，血清外泌体提取后打质谱，结果几乎都是高丰度的白蛋白和IgG，很是崩溃！ ...

我一般是用PEG8000或者PEG10000，第一次得到的沉淀中加入1mL PBS，千万不要晃，这样重复两次，以去除管壁上的血清，然后再用1 mL PBS重溶，枪头吹打均匀，加入终浓度10% （g/mL）的PEG，4度过夜，第二天离心获得沉淀，沉淀pellet按之前一样，用PBS清洗两遍以去除过量的PEG，最后用RIPA重溶进行破碎……

关键步骤有二点：1）二次沉淀前清洗尽量去除血清；2）二次沉淀后尽量去除PEG；

wjy · 发表于 2016-9-28 09:42:06

seallin 发表于 2016-6-21 08:29
前段时间出国了，所以一直没上。质谱一般只是手段，为生物学解决问题的，你在质谱结果方面有什么问题 ...

您好，我拿到质谱数据该在哪里开始分析呀，我是首次做质谱之前对这个也不是很了解，我是做病毒感染细胞分泌的外泌体，做了定性同时还做了定量，想看一下病毒感染的外泌体和正常细胞分泌的外泌体内，上调和下调的蛋白都是跟疾病的关系，迷茫呀，不知道如何入手才能找到这些上调和下调的蛋白跟什么有关？正常你们拿到数据怎么处理呀，

wjy · 发表于 2016-9-27 19:57:12

seallin 发表于 2016-5-5 16:51
不用客气，大家共同提高，文章才刚刚接收，还没出来呢，等出版了再发给你哈。有蛋白组学、质谱方面的问题 ...

您好，最近我外泌体质谱的结果出来了，可是出了结果就很迷茫，不知道怎么分析，想请教您几个问题。首先我是猴细胞来源的外泌体，数据是用uniProt 中的猴源数据库分析的，但是分析出来后我不知道那些是外泌体的蛋白那些事宿主细胞的蛋白，像exocarta这种专门外泌体的数据库里没有猴源的数据库，这种情况我该怎么半呀？