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大家关于试剂盒的几点疑问和澄清

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发表于 2015-10-26 13:59:55 | 只看该作者 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
本帖最后由 seallin 于 2015-10-27 10:09 编辑

群里有很多人对试剂盒(SBI,Life etc)存在一点疑问,我做了快1年多的实验了,觉得还是应该站出来说几句。

首先陈述两个实验
1、通过试剂盒对照实验发现,空白血清(exo-free)并不能提取到沉淀,而培养过细胞的血清则能提取到沉淀,说明提取到的不是蛋白聚集体,不然空白血清中那么高的蛋白含量也应该有沉淀才对。
2、血清经过10000g离心,又经过0.22 um滤膜过滤,用试剂盒提取后,能提取到沉淀(由上文证明不是蛋白聚集体),因此沉淀应该不可能是细胞碎片,故应该就是exo

写到这里,我想大家应该也认为试剂盒提取到应该是exo

但是大家为什么会对试剂盒有疑问呢?无非是三个问题,1、很难重溶;2、TEM不好做;3、WB不好做;4、沉淀量远远超过超速离心
下面我来解释一下,
1、并非不好重溶,加入水用枪头一吹打,立马就溶了,如果觉得不好重溶的一定是你方法不对;
2、由于有聚合物,TEM确实非常难做(这是试剂盒的一大缺点),我曾经做了3天的HRTEM(200 kv)才做出来;
3、WB不好做不是提取的问题,是提取的不够纯。为什么不够纯,下面重点介绍:高速离心的时候,我们第二遍会用PBS再离一遍以除去血清蛋白,而试剂盒的protocol里没有清洗这一步,这导致提取的exo中含很多血清蛋白。做实验小心一点,尽量去除管壁上的残留,实在不行,重溶后再提一遍,效果会很好;
4、如果用24h超离的血清培养细胞后,再用试剂盒,沉淀量会非常小,因此,我认为可能是血清没有离心干净的原因。

最后补充两句,
1、方法有好坏,技能有高低,如果实验做的熟练了,尽量避免可能出现的问题,还是可以做出很好的结果的。祝大家实验顺利!
2、如果是后续的分析和检测,两种方法都行,当然试剂盒更加方便。如果是用到exo做其他实验,比如尾部注射,还是安心用超离吧

Lobb RJ Optimized exosome isolation protocol for cell culture supernatant and human plasma, J Extra Vesc, 2015的这篇文献是有问题的,因为的对照组,沉淀得到的样品根本就没有洗干净,所以做出来的结果当然不好。用一个不正确的方法进行对比,结果可想而知。

最后很感谢与Hzangs的交流,提出了一些关键的问题,我会就一些问题进行近一步的考察。

如果还有疑问,欢迎留言





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发表于 2018-1-26 12:46:55 | 只看该作者
PEG沉淀,包括商品化的试剂盒有缺点,但是可以避免的。有些楼层说PEG沉淀出来一大坨沉淀,当你用无血清的培养上清加PEG沉淀是绝对看不到的,之前有文献已经说明了,exo-free 血清的培养基里面有大量的脂蛋白,  如果加PEG沉淀出来的必然是那一大坨脂蛋白。再次我不建议使用exo-free的血清培养基,你用超离,用SEC也会将带有脂蛋白污染,用PEG更不行。
PEG适用于无血清培养基的小囊泡分离。 首先无血清培养基里面只有小分子化合物,经过细胞培养后,细胞分泌的物质主要是小蛋白以及各种囊泡,除非细胞特异,一般不会有脂蛋白产生。及时PEG能够把左右的东西沉淀下来,其中物质包括了囊泡和小蛋白。   那么我们可以通过方法减少小蛋白的污染,这时候用到的就是超滤。功能性的小蛋白主要都是50KDa以下,细胞因子,趋化因子都在10kD左右,你用100KD,甚至300KD 等的超滤管浓缩后,大量的小蛋白被除去,如果在浓缩后加上PBS洗,再浓缩,理论上可以将小蛋白基本除去,毕竟你用的100kD的滤膜,除非堵塞很严重。上面在某些步骤加上0.22过滤。

当你把小蛋白除去以后,在用PEG沉淀,这时候沉淀的主要就是小囊泡,期间可能会有一些蛋白聚合物,但是细胞培养一般不会分泌太大的大分子蛋白,聚合起来也不会特别大。 所以得到的囊泡是比较纯的。  除非有人告诉我你无血清里面还有其他我没提到的物质。

我建议大家都不要在使用exo-free的血清培养基来分离外泌体,里面太多的脂蛋白了,通过超离是离心不完全的,特别是用任何沉淀法的时候。

总之,PEG可以沉淀下来蛋白,那么我们提前避免培养上清里面有过多的蛋白,并且预先讲其除去呢?那样沉淀下来的不就是我们想要的了么! 上面所说的细胞都是以不产生病毒颗粒的细胞。
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发表于 2016-2-18 11:46:07 | 只看该作者
dw0720 发表于 2016-2-17 23:01
看完后觉得学习好多啊,大家都不更新了吗?我也在做exosomes提取,纠结于怎么评价提取效果,仅仅根据粒径分 ...

第二页11#就有这篇文章的链接:“也比较赞同这篇文章中提出的 “粒子浓度/微克蛋白”表示exosome浓度的方法 "Optimized exosome isolation protocol for cell culture supernatant and human plasma" 【http://www.journalofextracellula ... /article/view/27031】,这种结果更真实准确的反应了exosome在样品中的含量”

有关分离定量的帖子:
http://www.exosome.com.cn/forum. ... ;tid=210&extra=
http://www.exosome.com.cn/forum. ... ;tid=179&extra=
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 楼主| 发表于 2015-10-26 14:43:39 | 只看该作者
本帖最后由 seallin 于 2015-10-28 19:53 编辑
hzangs 发表于 2015-10-26 14:15
通过试剂盒对照实验发现,空白血清(exo-free)并不能提取到沉淀,而培养过细胞的血清则能提取到沉淀,说明 ...

大家互相交流,才能碰撞思维的火花。
其实kit提取的蛋白里有很多杂蛋白,是因为有血清的残留,不是因为聚合物抓取了杂蛋白,如果用试剂盒再提一次(沉淀重溶后再加kit),能够大大减少杂蛋白的含量。但是再用一次试剂盒,大家的成本就更高了,所以我在上文中没有推荐。另外我们能在实验中发现这个现象,kit提完一次后,下面的pellet是白的,重溶后就变微红了,这是因为管壁上还残留很多杂蛋白及其酚红,我们知道酚红与蛋白疏水部分存在很强的疏水作用力,因此有红色表明有游离的杂蛋白,这才导致了污染。

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发表于 2015-10-26 15:07:01 | 只看该作者
seallin 发表于 2015-10-26 14:43
大家互相交流,才能碰撞思维的火花。
其实kit提取的蛋白里有很多杂蛋白,是因为有血清的残留,不是因为聚 ...

很高兴能和你交流这些东西。

请问 有尝试过将kit沉淀的东西重新溶解然后再用kit沉淀一遍么, 结果如何, 是不是真的蛋白含量就少了, 现在有这方面的数据吗?  我也曾经尝试过将用kit 沉淀,但是沉淀出来之后并不只是蛋白含量很大,而且底部的pellet也很多,要比超离明显多很多。这也说明,杂蛋白确实是在沉淀里的,不仅仅是在管壁上的。
24h和10h处理血清来说   这个我都没有尝试过,不知道你尝试过没有。 我的血清都是使用12Wg 超离14-16小时(overnight)处理的。 关于2小时是否可以完全沉淀培液中的exosomes, 这个实验我还是验证过的。 11w g 70min超离后的上清再超离 确实不会再有沉淀, 说明沉淀还是相对比较充分的。
文献里要求血清过夜超离的原因主要是因为血清相对于培液来说要粘稠很多,所以可能需要更长的时间才会成分沉淀其外泌体,达到去除的目的。

如果没有记错的话,楼主应该是化物所的吧,还希望楼主能详细的解释一下PEG-base的沉淀试剂盒 沉淀分离exosomes的具体原理~
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 楼主| 发表于 2015-10-26 15:46:17 | 只看该作者
hzangs 发表于 2015-10-26 15:07
很高兴能和你交流这些东西。

请问 有尝试过将kit沉淀的东西重新溶解然后再用kit沉淀一遍么, 结果如何, ...

我也很高兴能与您探讨!
再来一遍的话,如果跑胶对比,可以明显发现60-70kDa的条带变浅了很多,因为血清中TF和BSA是占80%以上的,所以经过两次沉淀,能够尽可能多的除去血清蛋白。但是毕竟外泌体表面是带负电荷的,而且也不亲水,难免有杂蛋白非特异性吸附,BSA,TF等蛋白也无法除尽。关于聚合物沉淀的原理,我不认同文献中竞争结合水的观点。
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发表于 2015-10-26 16:41:44 | 只看该作者
本帖最后由 hzangs 于 2015-10-26 16:43 编辑
seallin 发表于 2015-10-26 15:46
我也很高兴能与您探讨!
再来一遍的话,如果跑胶对比,可以明显发现60-70kDa的条带变浅了很多,因为血清 ...

两次沉淀, 收到的沉淀 蛋白定量  和超离定量  会有多大差距?  这个我还真没做过呢~ 因为杂蛋白的问题,并且我确实发现kit沉淀分离的所谓的外泌体  对我的实验有影响并且会带来假阳性结果  所以我才极力反对沉淀法的kit。
你认为PEG-base的沉淀试剂盒的沉淀原理是什么呢?
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发表于 2015-10-26 16:50:37 | 只看该作者
目前我不建议大家用沉淀试剂盒分离的最主要原因有二:
1、我曾经将life的试剂盒沉淀的所谓的外泌体和超离的外泌体同时做实验,kit沉淀的 出现了假阳性。
2、坛子里的朋友,有人使用kit分离外泌体做实验,然后投paper的时候被reviewer质疑了。
正因为基于上述的两方面问题,
以及直观的观察,kit沉淀的量要远远的多于超速离心法分离出来的沉淀量,而超离分离所得到的又是培液里几乎所有的exosomes了,所以我直观的认为,沉淀法分离的所谓的外泌体中应该有着大量的杂蛋白。

综合上面的这些原因, 所以建议大家不要用沉淀法的kit~~
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 楼主| 发表于 2015-10-26 16:55:17 | 只看该作者
hzangs 发表于 2015-10-26 16:41
两次沉淀, 收到的沉淀 蛋白定量  和超离定量  会有多大差距?  这个我还真没做过呢~ 因为杂蛋白的问题, ...

恩,我理解你的想法,对于后续需要用到exo的实验,还是超离最好,这点我认同。试剂盒缺点确实比较多:1、聚合物粘在exo外,很难除掉;2、若无滤膜过滤步骤,颗粒大小会不均一;3、若方法不正确,会带来较多杂蛋白。

但是试剂盒也有其优势的,如果只是后续exo里蛋白、脂类和RNA的检测和分析,在分析领域还是较好的。不过如果要用提出来的exo做进一步的实验,我的建议也是超离。
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发表于 2015-10-26 17:10:33 | 只看该作者
本帖最后由 hzangs 于 2015-10-26 17:12 编辑
seallin 发表于 2015-10-26 16:55
恩,我理解你的想法,对于后续需要用到exo的实验,还是超离最好,这点我认同。试剂盒缺点确实比较多:1、 ...

部分同意你的观点。但是如果后期是用来做蛋白质谱或者脂类的话,我同样是不建议使用kit。 如果后期是用来做大规模的seq,可以考虑,毕竟培液里游离的RNA相对来说比较少。同时,我并不认为沉淀法的kit 有什么优势。当我用life的kit时候,从离心机把管子拿出来,看到那一堆沉淀的一刹那,我就感觉,这个太扯了。。。 沉淀量足足有超离分离的上百倍。。。。。。
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 楼主| 发表于 2015-10-26 17:17:56 | 只看该作者
本帖最后由 seallin 于 2015-10-26 17:19 编辑
hzangs 发表于 2015-10-26 17:10
部分同意你的观点。但是如果后期是用来做蛋白质谱或者脂类的话,我同样是不建议使用kit。 如果后期是用来 ...

嗯呢,但是如果24h离心的血清培养细胞后,用kit沉淀会很少~~~~因为那次,我都惊呆了,本以为会很多,结果就底下一点点~~我还以为是我方法有问题,结果重复一次还是这样
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发表于 2015-10-26 17:29:50 | 只看该作者
seallin 发表于 2015-10-26 17:17
嗯呢,但是如果24h离心的血清培养细胞后,用kit沉淀会很少~~~~因为那次,我都惊呆了,本以为会很多,结果 ...

但是你的这个实验并不能证明什么啊……

我认为楼主只需要拿出一个数据即可:kit第一次沉淀下来的东西里,外泌体占的百分比,第二次kit沉淀时外泌体占的百分比,超离分离法得到的沉淀,外泌体所占的百分比(可以以粒子数/微克蛋白表示,也可以用wb上样一样多的蛋白杂marker看亮度表示)。这个数据就完全可以解释 到底kit沉淀法有没有沉淀出大量的杂蛋白。 (这才是最直接的证据,而其他的东西都或多或少带有主观推断)

咱俩争论来争论去,这个数据才是最重要的。 (Lobb RJ Optimized exosome isolation protocol for cell culture supernatant and human plasma, J Extra Vesc, 2015)这篇paper里已经做过第一次沉淀的比较了。你只要做一下第二次的比较即可。 或者你可以通过数据推翻这篇paper的结论 也可以的~
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