大家关于试剂盒的几点疑问和澄清

seallin

惜名 发表于 2015-10-28 09:02
OK  我也试试用SBI二次提取~

血清如果能离心彻底，SBI提取的量不会很多。因为沉降系数是以时间表示的。

惜名

seallin 发表于 2015-10-28 09:28
血清如果能离心彻底，SBI提取的量不会很多。因为沉降系数是以时间表示的。 ...

我的培养基是无血清培养基，所以不担心血清exo污染。

seallin

hzangs 发表于 2015-10-27 21:32
你可以联系一下izon 或者 nanosight，已合作的方式，到时候发文章方法里写一下的形式体现合作，也许他们 ...

有点疑问，文献他们用的仪器是TRPS（qnano的），测量粒径的时候单位是1E11 particles/mL，这太高了吧，我们一般用马尔文的仪器（NanoSight）测粒径，单位一般都是1E6-E8 particles/mL的，见那篇nature，再高就不准了。不知同样的样品仪器是否会有误差

onlyrush

PEG沉淀的方法以前用于病毒的浓缩，我的实验也显示，在有病毒粒子存在的情况下Life的试剂盒把exosomes与病毒粒子一起沉淀了下来，这点至少说明PEG沉淀对颗粒的选择是根据浮力密度或者颗粒大小或者其他因素，并无非常特异的选择性，试剂盒沉淀肯定包含exosomes但是绝不仅仅是exosomes。

hzangs

seallin 发表于 2015-10-28 10:17
有点疑问，文献他们用的仪器是TRPS（qnano的），测量粒径的时候单位是1E11 particles/mL，这太高了吧，我 ...

对不起刚刚发出的帖子  我感觉有点不妥当，所以对一些数值进行修正。考虑到A549平铺在培养皿中是50um，球形的状态不好估算，所以我们按照真核细胞平均直径计算吧。

真核细胞的平均直径在30um。 exosome的直径我们取一个比较大的值100nm，也就是0.1um。真核细胞直径就是exosome的300倍，面积就是90000倍，体积就是27000000倍。也就0.27 E8 倍.

那么 E8的exosomes的体积不及4个真核细胞。  试想，我们能隔着离心管壁看到4个沉淀在管底的细胞么？

我60ml 培液收到的exosomes，200um的体积重悬，测粒子数在E11左右， 体积也仅仅相当于不到4000个细胞。考虑到我在离心管底部看到的芝麻大小薄薄的一层沉淀。这里的数据属于估算，真实情况可能存在出入 但是足以说明问题。所以我感觉E11的值属于正常，反而E6-E8有点偏小了

hzangs

onlyrush 发表于 2015-10-28 10:58
PEG沉淀的方法以前用于病毒的浓缩，我的实验也显示，在有病毒粒子存在的情况下Life的试剂盒把exosomes与病 ...

PEG促沉淀 一般考虑是它竞争性结合游离水

onlyrush

hzangs 发表于 2015-10-28 11:18
PEG促沉淀 一般考虑是它竞争性结合游离水

我记得不同浓度和不同分子量的PEG用来沉淀不同分子量的蛋白，我觉得用于沉淀exosomes的PEG对于目标颗粒或者蛋白聚合物的选择也是一个范围吧

evomicscience

是的，因为peg 或类似的多聚物吸疏。它们广泛地用于病毒，蛋白质等疏水物的富集，甚至蛋白蛋结晶的生长。

seallin

hzangs 发表于 2015-10-28 11:15
对不起刚刚发出的帖子  我感觉有点不妥当，所以对一些数值进行修正。考虑到A549平铺在培养皿中是50um，球 ...

你的例子还有数值很有道理，请问你60ml培养液最后得到多少微克蛋白？另外马尔文的仪器在测试的时候，一旦浓度超过1E9就不线性了，而你的样品测到了1E11，是样品稀释了至少100倍吧？

Izon

seallin 发表于 2015-10-28 10:17
有点疑问，文献他们用的仪器是TRPS（qnano的），测量粒径的时候单位是1E11 particles/mL，这太高了吧，我 ...

你的这个数据是颗粒浓度，不是粒径吧。

关于颗粒浓度，手上正好有几张图，大家可以比较一下：


所以纳米颗粒的浓度，只是测试参数不同，结果就不同啦