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外泌体研究小组第二次会议总结

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发表于 2015-4-19 14:44:17 | 显示全部楼层 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
本帖最后由 惜名 于 2015-4-19 14:46 编辑

2015418日,周六,上海的下午不冷也不热,正是小聚好时节。来自中科院上海生命科学院、复旦医学院、上交医学院、上海二军大、上海大学、浙大医学院等6所院校(排名不分先后)的16名外泌体研究者,在生科院高大上的会议室里举行了“外泌体研究小组第二次聚会”。
本次聚会有6人(Johnny、倩倩、惜名、宝莲、Alice、游虾)进行了PPT交流。会议基本上可以分为两个阶段,第一阶段是以PPT演讲为中心的交流,第二阶段是自由讨论。

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PPT内容有部分重叠,不再一一赘述,下面分享几个重点讨论的问题。
1、外泌体提取哪家强?
毫无疑问,山东蓝翔排第一。
排第二的或许应该还是超离吧,这是经典大paper久经实践的好方法。至于得率,JohnnyNano对比了超离和SBI提取后exo的总粒子数,竟然发现二者在一个数量级。这似乎是说SBI的提取效率和超离差不多?当然,也有人认为,Nano检测粒子数不能准确反应exo含量,误差太大。
应该说,不少高分文献也在用SBI,因此这个kit可靠性还是比较高的。笔者使用过101bioSBI,个人经验是二者提取后进行下游干预实验都能得到阳性结果,未对比二者的提取效率差异。
倩倩用101bio提取exo后做了质谱分析,发现含量最高的蛋白竟然是BSA(培养基中含有的一种成分),如果倩倩的操作没问题、质谱分析也可靠的话,这无疑说明101bio提取的exo含有杂蛋白。SBI这方面的试验我们小组没人做过。当然,值得一提是的,倩倩的质谱分析竟然连exo的已知marker都没检测出来,这个质谱分析或许需要重复。
Life的使用者应翔因故未参加此次聚会。
最后总结,有人强烈认为kit提取exo杂质较多,倩倩的质谱分析或许也提供了即使是不太可靠的证据。笔者认为,kit提取exo即使含有一定量杂质,只要你的实验设计能够容忍这些杂志,或许也是能接受的,毕竟,kit更加简单,而且也经过了高分文献的验证。当然,如果条件允许,用超离更加好。

2、外泌体电镜下形态是否有标准?
经典文献的exo电镜图片以“杯托样”结构为主,也可以形象的看成“嘴唇样”、“咖啡豆样”,其鲜明的特征是有“褶皱”。Johnny用超离提取exo,电镜图片与经典文献吻合度很高。而其余人员(包括复旦、上交、浙大)基本都是用kit提取的exo,电镜下显示为一个空泡样结构,形状基本是正圆形,没有褶皱。文献认为,这种形态上的区别和提取方法有关系。超速离心会使得exo被强烈挤压,因此产生褶皱。Kit提取则没有这个现象。
3、电镜下外泌体亚结构和直径是否很重要?
经典文献的exo电镜图有时可以看到一些“亚结构”,“杯托样”exo的内部还有一些密度不均匀、明暗相间的小区域,但此次小组人员用kit提取的则没有看到这些结构。沛渊认为,这或许和电镜拍摄时电压强度有关系,电压越大,投射性越好,越可以看清楚内部结构。沛渊介绍,生科院电镜室老师建议120kv的电压。另外,这或许也和染色过程有关系,目前exo染色以磷戊酸或铀负染为主,操作还是比较简单的。Johnny介绍了一种更加复杂的染色方法,但是效果不佳。
关于直径,kit提取的exo似乎直径偏小,较大者70nm,大多数的均在20nm上下,有人还看到了更大的,直径在400-500nmJohnny用超离提取exoNano结果提示粒子直径峰值在100nm,结果与文献较为符合。
关于直径,目前一般认为30-100nm的称为exo,更大的则属于MV了。游虾经过仔细查阅文献,发现30-100nm的直径有深层次原因。Exo是脂质双层结构,其分泌依赖细胞内器,脂质双层结构决定了exo不能太小,否则便无法成为一个囊状结构了,分泌过程依赖细胞内器决定其也不能太大,不能大于其来源的母体。
4、蛋白Marker跑不出来怎么办?
目前已知的exo marker达十余种之多,有些marker并非每种细胞来源的exo都会表达,因此当marker跑不出来时,可以考虑换其他marker试试。本次聚会认为,跑出来2-3markerOK了。譬如,本次聚会很多人都跑不出CD9CD63Alix似乎比较好跑,也有人推荐试试TSG101。沛渊强调,exo marker甚至有某种程度的种属特异性,因此跑marker时大家应该尽量参考你的细胞来源的exo在文献中被证实存在哪些marker,不要盲目尝试。

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第二阶段,自由讨论环节,该过程大约1.5小时。
每个人就个人经验和兴趣与他人进行了针对性探讨。这部分内容比较杂乱,有些人会讨论很基础、很技术的细节,有些人会讨论整个实验思路,因此也就没办法记录了。

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感谢Johnny安排了本次活动,借用的生科院的会议室非常专业。Johnny自费为大家购买了一些小零食,还给与会者泡了他们家乡今年的新茶,我怎么喝都比西湖龙井更加袭人。感谢提供PPT进行交流的童鞋,也感谢所有参与人员的经验分享。
本次聚会讨论的还是以基础方法为主,因为大家进展都比较缓慢。我们暂定法桐叶变黄的时节再次小聚,期待届时能有更多童鞋参加,也祝愿在这半年里大家能做出更多的结果。


P.S. 本小结帖凭记忆所写,如有谬误,请各位及时指出,我第一时间更改。

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