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外泌体small RNA组成、含量占,以及建库

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发表于 2016-8-17 14:03:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在做外泌体small RNA的研究,通过NGS测序的方式进行。信息分析结果发现外泌体small RNA的组成跟常规组织不同,比对不到的small RNA组成占比较大,有50%以上。正常small RNA的测序结果都是21-22nt、24nt长度的reads较多,但我的结果是31-32nt长度的较多。不知道啥情况?是本身外泌体small RNA的成分就这样?还是NGS建库方法不合适?求做过的大神指导啊!!!

ps:比对不上,是指比对不到miRNA、rRNA、tRNA、novel miRNA等。


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发表于 2016-8-17 16:38:41 | 显示全部楼层
good question
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 楼主| 发表于 2016-8-19 09:50:46 | 显示全部楼层
有木有大神在论坛的噢,给解答一下哈~~~
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发表于 2016-8-23 09:36:06 | 显示全部楼层
建议可以尝试将这部分 31 - 32 nt 的序列与基因组进行比对,看看具体是什么东西。
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发表于 2016-8-26 16:40:25 | 显示全部楼层
你是什么建库方法,用的RNA量是多少?
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发表于 2016-8-31 15:14:16 | 显示全部楼层
咨询一下大家,外泌体二代测序都是用那个公司啊?
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发表于 2016-9-12 17:37:35 | 显示全部楼层
楼主,你好,最近我做出来的结果和你基本一样,这个31-32nt较多的问题解决了吗?
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 楼主| 发表于 2016-9-14 18:53:02 | 显示全部楼层
gaocunyi 发表于 2016-9-12 17:37
楼主,你好,最近我做出来的结果和你基本一样,这个31-32nt较多的问题解决了吗? ...

我做了好几个不同类型样本,都是这样的结果。发现这些reads主要是比对到一些repeat、other,怀疑外泌体里的片段本来就都是一些降解的片段。这个从外泌体样本的2100检测结果也能看出来。
可以再找一些文献验证一下。
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 楼主| 发表于 2016-9-14 18:54:18 | 显示全部楼层
张宏道 发表于 2016-8-26 16:40
你是什么建库方法,用的RNA量是多少?

几十ng的外泌体RNA,用专门的small RNA建库盒子就行
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发表于 2016-10-26 12:52:32 | 显示全部楼层
最近也有做外泌体建库的需要。楼主能提供以下外泌体建库的试剂盒及流程还有A2100的检测图谱吗?期待进一步的交流。
qq:529064130
或者直接在外泌体之家的qq群中查找:黄红伟-南师大
谢谢楼主。
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