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华中科技大学发布首个大样本量的细胞外膜泡miRNA数据库

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发表于 2018-10-31 09:21:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
华中科技大学发布首个大样本量的细胞外膜泡miRNA数据库

近日,Nucleic Acids Research杂志在线发表了首个专注于细胞外膜泡miRNA的数据库EVmiRNA(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA),收录了近500个样本的miRNA测序信息。该数据库由华中科技大学的郭安源教授和李秋柏教授合作发布。
细胞外囊泡(EV),如外泌体和微泡,作为细胞间通讯载体和疾病的潜在生物标志物。microRNAs(miRNAs)是EV中研究最为充分的分子,因此对EV中miRNAs表达谱的全面研究将有助于探索其功能和生物标志物。该报道在17个来源/疾病中检测了462EV样本的小RNA,并构建了EVmiRNA数据库http://bioinfo.life.hust.edu.cn/EVmiRNA)以展示miRNA表达谱。在这些EV中发现了>1000miRNAs,并检测了每种来源/疾病的EV的特异性miRNAs。EVmiRNA提供三个功能模块:(i)miRNA表达谱和来自不同来源(例如血液、母乳等)的EV的样品信息;(ii)不同EV中特异性表达的miRNA,有助于生物标志物鉴定;(iii)miRNA注释,包括EV和TCGA癌症类型中的miRNA表达,miRNA通路调节以及miRNA功能和出版物。EVmiRNA具有用户友好的Web界面,具有强大的浏览和搜索功能,以及数据下载。它是第一个专注于EV中miRNA表达谱的数据库,可用于EV生物标志物、miRNA功能和液体活检的研究和应用领域。
↑图1、B细胞外泌体miRNAs的研究案例。(A)样本概览。(B)B细胞外泌体中表达最高的四种miRNAs。(C)每种EV中miR-155-5p的表达谱。(D)miRNA通路调控结果表明miR-155-5p调节NFκB信号通路和B细胞受体信号通路。(E)用“B cell”检索的miR-155功能。
↓下表:EvmiRNA数据库的EV样本数量统计
从宿主细胞携带选择性货物的EV被认为是细胞间通信的新模式。由EV介导的受体和宿主细胞之间的相互作用主要取决于EV的成分和靶细胞的摄取。miRNA是EV中关键且研究最多的分子。然而,尽管有几个数据库存放了EV的内含物成分,但大多数数据库只关注EV中没有表达值的分子的收集。尽管exoRBase提供了来自血液的92个外泌体样品中mRNA、lncRNA和cirRNA的表达谱,但EV miRNA的分析仍然缺乏。EVmiRNA数据库是第一个专注于miRNA分析和EV中潜在调节信息的综合数据库。EVmiRNA提供EV的全面miRNA信息,包括每种来源类型的miRNA平均表达,每种样品中的miRNA表达丰度,高表达的miRNA和每种EV类型的特异性表达的miRNA,miRNA调节的途径,以及miRNA功能和出版物。还包括实验分离的方法和参考文献。
最后,EVmiRNA易于使用,无需注册即可自由访问。随着EV测序数据的扩展,该数据库将继续更新,收集更多有关EV样本的数据集,以涵盖更多EV类型并收集EV的宿主细胞样本进行比较分析。通过不断维护和更新,EVmiRNA将成为研究和应用领域中有用的资源,用于生物标记物发现和EV调控机制的探索。
参考文献:
Liu T, Zhang Q, Zhang J, Li C, Miao YR, Lei Q, Li Q, Guo AY. EVmiRNA: adatabase of miRNA profiling in extracellular vesicles. Nucleic Acids Res.2018 Oct 18. doi: 10.1093/nar/gky985. [Epub ahead of print] PMID: 30335161


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