大家给公司做miRNA测序会遇到什么常见问题？新手求教

jlj1917576238 · 发表于 2017-9-27 19:36:26

最近打算做miRNA测序，找了公司咨询，需要注意哪些细节？比如说：1.测序方法：芯片还是二代测序？
2.测序样品质检和外泌体量
3.后续服务：如果建库失败，损失谁负责
等诸如此类的问题。
想问做过测序的大神，测序有什么坑需要注意，我觉得作为新手的我可能会遇到很多问题，求指教，谢谢！

baishixiaoyaozi · 发表于 2017-9-27 21:34:45

最近也想做extracellular small RNA sequencing
1. 我打算用NGS，好处是unbiased，信息量会比较大，包括miRNA和其他small RNAs，缺点么，费钱；芯片的话，如果只focus miRNA，有很多不同公司的芯片可以选择
2. 样品质检，打算用agilent bioanayzer，业内金标准；exosome/miRNA amount越多越好，至少达到建库的最低标准
3. 所在学校的core facility不提供建库服务，打算自己买kit，自己建库，正在学习中
其实测序只是第一步，后续的分析也很重要。

jlj1917576238 · 发表于 2017-9-28 09:18:33

baishixiaoyaozi 发表于 2017-9-27 21:34
最近也想做extracellular small RNA sequencing
1. 我打算用NGS，好处是unbiased，信息量会比较大，包括miR ...

谢谢亲的回复，受教了！

mydjx · 发表于 2017-10-9 10:13:15

哪家公司比较好？最近也打算做这个

biowinner · 发表于 2017-11-14 12:23:25

1个人认为还是二代测序吧，芯片假阳性会有
2用安捷伦2100质检，如果偏重于mRNA，或者LncRNA的话，润值需要达到8.0
3测序上机浓度要达到200ng/ul，样本量尽量多，做转录组一次不一定能做好，必须重复建库的。起码要准备3次建库的量吧
4对于外泌体RNA，最关键的是外泌体的富集和提取

sesame0415 · 发表于 2018-1-10 10:46:00

大有收获

笨笨珍 · 发表于 2018-7-16 13:16:09

biowinner 发表于 2017-11-14 12:23
1个人认为还是二代测序吧，芯片假阳性会有
2用安捷伦2100质检，如果偏重于mRNA，或者LncRNA的话，润值需要 ...

请问，哪家公司比较靠谱一点吖？最近也有打算做

Gu_apple · 发表于 2018-7-18 13:40:19

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可可西里haha · 发表于 2022-6-14 20:11:25

最近打算测外泌体全转录组测序，咨询了测序公司说全转录组测序目前还存在很多假阳性的问题，请问的确是这样吗？大家有没有好的测序公司推荐

kericnnoe1964 · 发表于 2023-1-19 01:32:29

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