一种从外泌体中探寻长链RNA的新方法

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二代测序平台的出现，使得从组织、生物体液和细胞外囊泡中发现和找到有意义的RNA变得更容易。最近，研究者们开始喜欢在在被称为外泌体（exosomes）的细胞外囊泡里找到RNA并测序，因为它们在细胞间联系和免疫调节过程中起到了重要作用。外泌体内已被证实有多个RNA的类型，包括微小RNA（miRNA）和信使RNA（mRNA），以及其它生物活性分子。目前大量的研究工作主要集中在评估外泌体的miRNA内容，并作为公认的疾病的生物标志物。然而，其他类型的RNA，诸如长链RNA（> 200 bp；长链非编码RNA[lncRNA]，mRNA和环状RNA[circRNA]），可能会在细胞间联系中起到相等或更重要的作用，并导致生物信号通路的改变进而影响疾病发展。长链RNA作为一种RNA它在外泌体中占的比例很小，直到最近，它被从极具挑战性的外泌体测序文库中提取到极少量长链RNA。然而，新的方法已经出现，如NuGEN的Ovation® Single Cell RNA-Seq System，可在单个文库中得到极少量的长RNA。不同于poly（A）文库的方法，这些文库保有所有成分的RNA种类（例如lncRNA，mRNA和circRNA）。

为了测试Ovation Single Cell RNA-Seq System作为二代测序文库的适用方法，包含多个长链RNA种类，并探索外泌体样品中长链RNA分子群体，Cofactor Genomics的研究人员利用Ovation Single Cell RNA-Seq System从外泌体中提取总RNA后进行测序。随后构建好测序文库，并从得到的数据分析外泌体来源的长链RNA种类。在这里，他们展示了目前的研究流程的方法，观察到的长链RNA的数量和种类，对照组和肾癌样品的外泌体长链RNA的相对比例，以及在外泌体中富含的功能基因的类别。

图：正常样品和肾癌样品中各种RNA的类型及其平均数目。

作者介绍：

参考文献：Armstrong JR, Hiken J, Khanna A, Huelga S, Sherlin L, Amorese D. (2016) A Method for Surveying the Long-RNA Landscape of Exosomes. Presented at AGBT 2016.

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